cordova-jqueryというplugin？が意外と使えない（俺が使えない）やつだったのでこいつでどうにかしてやることを諦めた。
手動でやる時はなにも変なことはしないでいい。以下の感じでやれる。

 
 <link rel="stylesheet" href="js/jquery-1.5.0.mobile.min.css" />
 <script type="text/javascript" src="js/jquery-1.11.1.min.js"></script>
 <script type="text/javascript" src="js/jquery-1.5.0.mobile.min.js"></script>

参考にしたサイトはここ