全知全能なるgoogle先生にきくことになりましたが、こうすればshift-jisでコンパイルできるみたいです
$platex -kanji=sjis
$platex -kanji=jis //jis encode $platex -kanji=euc //euc encode
こんな感じでエンコードを指定すればコンパイルできます。(多分。)
デフォルトはutf-8でいつも作業しているので時間があるときにでもオリジナルのファイルをutf-8にしておこうと思います。
先に論文を書き終えてしまいたい。ではでは。